تتألف الامانة العامة من الوحدات الادارية التالية 

1-  الإدارة العامة للشؤون الإدارية، وتتألف من الإدارات التالية:

إدارة الشؤون الإدارية والمالية.
إدارة تكنولوجيا المعلومات.
إدارة الاتصال والإعلام.

2- الإدارة العامة للشؤون الطبية، وتتألف من الإدارات التالية:

إدارة الصحة العامة.
إدارة القومسيون الطبي

إداره الصيدلة والرقابة الدوائية

إدارة العلاقات الطبية والعلاج بالخارج 

 3-الادارة العامة لشؤون السياسات ، وتتالف من الادارت التالية :

إدارة تمويل الرعاية الصحية والتأمين.
إدارة سياسة تكنولوجيا المعلومات.
إدارة الأبحاث الصحية.
إدارة التخطيط و التقييم.