في 5/4/2009 صدر القرار الأميري رقم (13) لسنة 2009 بإنشاء المجلس الأعلى للصحة منسجماً مع الرؤية الشاملة للتنمية التي تنتهجها دولة قطر. و تضمن القرار أهداف و اختصاصات المجلس بوصفه الجهة العليا المختصة بشئون الرعاية الصحية بالدولة، و ذلك من خلال توفير أقصى درجة من الرعاية الصحية، و تقديم الخدمات الصحية الوقائية و العلاجية بمستوى يحظى بسمعة دولية و تقدير عالمي.
 
يهدف المجلس الأعلى للصحة إلى تحقيق العديد من الأهداف من أهمها:
- وضع الإستراتيجية الوطنية للرعاية الصحية في الدولة في ضوء رؤية قطر الوطنية.
- وضع سياسات و إستراتيجيات الرعاية الصحية، و الخطط و البرامج المنبثقة عنها، و نظم الرقابة و المتابعة اللازمة لتنفيذ الإستراتيجية الصحية ككل.
يعمل المجلس الأعلى للصحة وفقاً لعدد من المبادئ من أهمها:
-         التركيز على الإنسان لأنه يعتبر رضا المريض هدفاً في حد ذاته.
-         التركيز على الصحة و العافية بشقيها الجسدي و النفسي.
-         انتهاج سياسة مالية حكيمة في ما يتصل بالصرف على الصحة و الحرص على تحقيق أفضل النتائج مقابل ما يصرف على هذا القطاع الحيوي.